Là thể loại trò chơi bắn bóng, Sea Bubble Shooter được thiết kế với giao diện đơn giản và hấp dẫn, có nền tảng nước biển và các viên bi bong bóng trong hình dạng và màu sắc khác nhau.

Người chơi sẽ kiểm soát một pháo phòng không gian dưới đáy biển hoặc trên một tàu thuyền, và nhiệm vụ của họ là bắn các viên bóng cùng màu từ pháo để tạo thành các nhóm cóít nhất ba viên cùng màu. Khi các viên bóng cùng màu kết hợp, chúng sẽ biến mất, mang lại điểm số cho người chơi.

Mục tiêu của trò chơi là loại bỏ tất cả các viên bóng trước khi chúng đạt đến mục tiêu cuối cùng. Nếu có bất kỳ viên bóng nào đạt đến mục tiêu, trò chơi sẽ kết thúc và người chơi sẽ phải bắt đầu lại từ đầu.