Super Cube không chỉ thu thập các hình khối mà còn đưa ra nhiều thử thách khác nhau cho người chơi. Những cái bẫy sẽ xuất hiện dọc đường đi đòi hỏi tư duy chiến lược và di chuyển cẩn thận. Khi bạn tiếp xúc với những cái bẫy này, các khối bạn sở hữu sẽ biến mất, bắt đầu một cuộc đấu tranh đầy thử thách. Người chơi tận hưởng trò chơi bằng cách thể hiện kỹ năng của mình để vượt qua những cái bẫy này.

Cơ chế cốt lõi của trò chơi liên quan đến việc tương tác với các khối được tìm thấy trên đường đi và kết hợp chúng vào phần của riêng bạn. Mặc dù ban đầu bạn chỉ bắt đầu với một khối nhưng bạn phải tiến bộ để thu thập thêm các khối và bảo vệ chúng khi tiến lên. Nếu bạn có đủ số khối ở cuối mỗi cấp độ, bạn sẽ có cơ hội chuyển sang cấp tiếp theo.