Cư dân của một trong những thiên hà xa xôi và không xác định đã quyết định bắt đầu cuộc hành trình tiêu diệt tất cả các loại hành tinh mà họ gặp trên đường đi và thanh lọc toàn bộ vũ trụ khỏi mọi thứ không liên quan đến loài không xác định của họ.
Trong trò chơi Space Story, bạn phải vào vai một UFO để du hành qua các thiên hà khác nhau, khám phá vũ trụ, né tránh các chướng ngại vật vũ trụ, phá hủy và cướp bóc các hành tinh.
Cố gắng bay càng xa càng tốt, tiêu diệt càng nhiều hành tinh càng tốt, thu thập càng nhiều tài nguyên càng tốt.
Bắn mọi thứ trên đường đi của bạn, phá hủy thiên thạch và hành tinh, thu thập tài nguyên, mua UFO và đạn mới, nâng cấp đặc điểm và vũ khí, mở ra các thiên hà mới.
UFO của bạn tự di chuyển theo chiều dọc lên trên cho đến khi gặp một hành tinh trên đường đi, sau đó nó dừng lại và quyền điều khiển được chuyển cho người chơi, người chơi có thể di chuyển UFO ở vị trí nằm ngang, chọn vị trí tốt nhất để tấn công, khi vị trí tối ưu là đã chọn người chơi phải chọn đúng thời điểm để bắn vì tầm nhìn luôn di chuyển từ trái sang phải và ngược lại.
Sau khi tấn công thành công, hành tinh này sẽ bị phá hủy, toàn bộ tài nguyên sẽ bị đánh cắp và UFO sẽ tiếp tục di chuyển ở tư thế thẳng đứng.